ゴチャゴチャとハードディスクを何台も繋げていると、Windows7のインストール時にブートセクタがシステムドライブ以外に入り込むという事が起こるっぽい(多分。そういう風に解釈してる)。
マザーボードに繋いであるハードディスクの中で検索順(SATA1とか2とかの順だと思うが)の一番最初に見つかった基本領域に突っ込まれる気がする。
bootというフォルダなのだが、こやつ通常では管理者権限でも削除する事が出来ないという、お邪魔ぷよより邪魔な存在。
まあ、保護されたオペレーティングシステムファイルを表示しない状態だと見る事は出来ないんだけどネ。
後、ちょっとうろ覚え(色々と試行錯誤してた)なので、間違ってたらごめんなさい☆
ネットの情報は取捨選択しようね。
自己責任ヨ。

注：出来るかは知らないけど、今使っているbootフォルダを削除しないように。動かなくなっても私は知らないヨー。

例題としてDドライブに邪魔なbootフォルダがあると仮定する。
このフォルダの所有者はTrustedInstaller。
コイツが威張っている限り削除がまず出来ません。
まずは所有者をAdministratorsに変更してしまいましょう。
スタートメニューよりコマンドプロンプトを「右クリック→管理者として実行」。
以下のコマンドを発行してあげます。

takeown /r /a /f d:¥boot

これでbootフォルダ及びそれ以下のフォルダ・ファイルの所有者がAdministratorsに委譲されたはずだ。

しかし、削除の権限がまだ無いのでフルアクセス出来るように変更する。

icacls d:¥boot¥* /grant Administrators:F /t

これでbootフォルダ以下のファイルは管理者権限があればアクセスできるはず。
後は、ゴミ箱にポイして空にすれば消えるはずです。

追試できないんで覚えてる限りを書いたけど、合ってるのかなぁ(笑)
複数ドライブ持ちでインストールする時は、該当ドライブ以外はコネクタ外しといた方が安全かもね。
バラバラだと構成変える時が面倒そうだし・・・。